خشونت جزئی جدایی ناپذیر از ماهیت سازمان مجاهدین خلق بوده و هست. این خشونت نه تنها در حق ملت ایران و عراق بلکه در حق اعضای خود تشکیلات هم صورت گرفته است و همچنان در جریان است.
سازمان دیده بان حقوق بشر در یک گزارش مفصل بنام خروج ممنوع که در سال 2005 منتشر شد، به مسئله نقض حقوق بشر در کمپ هاى سازمان مجاهدین خلق پرداخته است.
در این گزارش، موارد نقض حقوق بشر در مورد ناراضیان شامل حبس هاى طویل المدت، حبس هاى انفرادى، ضرب و جرح، آزارهاى روانى و زبانى، اعتراف هاى اجبارى، تهدید به اعدام و شکنجه هائى که در دو مورد به مرگ منجر شده اند، یاد شده است. یکى از شاهدان که دیده بان حقوق بشر با او مصاحبه نموده به مدت هشت سال و نیم درسلول انفرادى بسر برده و سه شاهد دیگر از مرگ فردى بنام پرویز احمدى بر اثر شکنجه گزارش داده اند. بسیارى از این افراد همچنین گفته اند که تحت شکنجه هاى شدید، وادار به امضاى اعترافنامه هاى دروغین مبنى بر ارتباط با عوامل اطلاعاتى جمهورى اسلامى شده اند.
بساط علی مشکین فام عضو سابق سازمان مجاهدین خلق درباره یکی از بازجوهای سازمان که به خاطر افراد کشته شده در زیر شکنجه، متناقض شده بوده است می گوید:
مریم رجوی در پاسخ به سوال او گفت: نیاز انقلاب به ریختن خون است. اگر هر کسی برای مسئولیتی که به او محول می شود چون و چرا کند، خط پیش نمی رود.