موزه اسرار سازمان بیش از ۲ دهه فعالیت و جنایت گروه مجاهدین خلق را بر اساس مستندات به تصویر کشیده است.
این موزه روایتگر بخشی از تاریخ پرفراز و نشیب انقلاب اسلامی در مقابله با سازمان مجاهدین خلق است و تلاش دارد با اتکا به اسناد معتبر تاریخی، ابعاد مختلف عملکرد این گروه تروریستی را برای مخاطبان تبیین کند.
در بخشهای مختلف این موزه، سرفصلهایی همچون مبانی و ریشههای فکری و تشکیلاتی مجاهدین خلق ، اعلام جنگ مسلحانه، عملیاتهای ترور و بمبگذاری، جاسوسی و همکاری با ارتش بعثی عراق، با بهرهگیری از اسناد تاریخی، آثار تصویری، هنر محیطی، بازسازی صحنههای واقعی و نمایش فیلم بازنمایی شده است.