بحسب بعض المصادر ، تعاونت المجموعة الإرهابية مجاهدي خلق الإيرانية مع الحكومة العراقية في قمع انتفاضة الشعبانية. وبحسب الوثائق ، فقد لعبوا دورًا في قمع أهالي البصرة ودفن عددًا كبيرًا من القتلى في مقابر جماعية.
الأكراد يكرهون مجاهدي خلق وتعاونت زمرة المجاهدين مع صدام في قمع شعب كردستان وارتكبت العديد من الجرائم خلال انتفاضة الشعبانية.و شنت قوات نظام صدام حملة قمع واسعة النطاق على الثوار لمواجهة هذه الانتفاضة, و لا يُعرف سوى القليل عن عدد القتلى ، لكن وفقًا للأرقام غير الرسمية ، قُتل ما بين 300 ألف و 500 ألف شخص ونزح حوالي مليوني عراقي في هذا القمع ، وسارعت زمرة مجاهدي خلق الإيرانية أيضًا لمساعدة صدام وقتلت قواتهم أكثر من 25 ألف عراقي في حملة القمع وبحسب الوثائق المتوفرة فقد تورطوا في قمع أهالي البصرة وديالى ودفن عدد كبير من القتلى في مقابر جماعية. قمع الانتفاضة جريمة من جرائم الابادة الجماعية .ليس لمجاهدي خلق اي قاعدة شعبية.