اسماعیل مرتضایی متهم ردیف ۹۹ در دادگاه رسیدگی به جرایم گروه تروریستی مجاهدین خلق است.
وی قبل از انقلاب در جریان گروه والعصر قرار گرفته و سپس جذب گروه تروریستی مجاهدین خلق می‌شود.
نامبرده مدتی به عنوان مسئولِ امنیتی- نظامیِ ستاد مجاهدین در مشهد فعالیت کرده و در اواخر سال ۱۳۵۹، به شمال متواری و در قائمشهر و بابل، مشغول فعالیت می‌شود. شایان ذکر است وی در سال ۱۳۶۰ از کشور خارج شده و به کردستان عراق می‌رود.
دیگر فعالیت‌ها و مسئولیت‌های وی عبارت است از:
– مسئول شکنجه افراد معترض و مسئله دار از دیدگاه گروه
– معاون ابراهیم ذاکری، مسئول و هادی عملیات‌های نظامی- تروریستی، ارتباطات و اعزام تیم‌های ترور به داخل کشور طی هماهنگی با استخبارات عراق
– مسئول نظامی استان‌های خراسان، کرمان و سیستان و بلوچستان، پس از تقسیم بندی استان‌ها در گروه
– معاون هیئت اجرایی مجاهدین در سال ۱۳۶۴
– مسئول تیم در عملیات‌های نظامی- تروریستیِ آفتاب، چلچراغ، فروغ جاویدان و مروارید
– مسئول مقر حبیبِ مجاهدین برای اعزام نفرات به داخل کشور و مسئول اطلاعات در گروه تروریستی مجاهدین خلق
ضمناً نامبرده تحت تعقیب اینترپل بوده و دارای اعلان قرمز به شماره A-۱۲۸/۱-۲۰۰۹ است.