حضور اعضای مجاهدین با فرزندانشان در خاک عراق خود مشکلات دیگری را روی دست سازمان میگذاشت و جدای از حفظ و نگهداری آنها و حل و فصل مسئله استقراری شان مانع جدی برای پیشبرد اهداف رهبری محسوب میشدند.
اصلی ترین جرم کودکان از نظر رهبری این بود که حضور آنها در تشکیلات این است که آنها مانع اطاعت بی چون و چرای پدران و مادران از رهبری فرقه میشوند و به عبارتی حضور فرزندان در تشکیلات باعث میشود عواطف والدین به سمت فرزندان کانالیزه شود در حالیکه همه باید تمام عواطفشان را نثار رهبری کرده و تنها او را دوست داشته باشند و برای او بمیرند. بنابراین کودکان مانع جدی در سر راه پیشبرد آنچیزی که از نظر رجوی «جنگ تمام عیار» خوانده می شد، بودند و تنها راه ، جداسازی فیزیکی و قطع این پیوند عاطفی بین والدین با فرزندانشان بود.
بنابراین در مرحله دوم انقلاب ایدئولوژیک و زمانیکه رهبری پای آنرا در تشکیلات سفت کرد، سراغ جداسازی فرزندان از والدین رفت و بتدریج زمینه آنرا در تشکیلات فراهم نمود و یکی دیگر از شاخص های رشد در تشکیلات برای اعضای فرقه را ترک فرزندان قرار داد.