بدون شک باید مجاهدین را منفورترین گروه در میان اپوزیسیون ایران دانست و تبعات همکاری با این فرقه بسیار فراتر از تبعات همکاری و همراهی با دیگر گروه‌ها و گروهک‌ها است. در خصوص تبعات همکاری با این فرقه تروریستی می‌توان مؤلفه‌های بسیاری را برشمرد که یکی از مهم‌ترین آن‌ها تبعات گره خوردن نام مرتبطین این فرقه بانام این گروه تروریستی است که تا سالیان سال گریبان گیر افراد خواهد بود.
یکی از تبلیغات و روش‌های جذب سرپل‌های مجاهدین وعده پناهندگی و اقامت در کشورهای اروپایی است که باعث می‌شود بسیاری از جوانان به طمع این وعده یا به عبارتی این فریب بزرگ، حاضر به همکاری با این فرقه تروریستی با آن سابقه جنایت بارش شوند. اما واقعیت این است که این وعده در واقع به شکلی کاملاً عکس رخ می‌دهد و افرادی که به هر دلیل با مجاهدین همکاری می‌کنند و نامشان در زمره مرتبطین این فرقه ثبت می‌شود، در نهایت در مسیرهای اخذ پناهندگی با مشکلات عدیده رو به رو شده و در بسیاری مواقع به کلی فرصت‌های خود را برای اخذ اقامت برای همیشه از دست می‌دهند.
در واقع آنچه در تبلیغات مجاهدین به‌عنوان عامل تشویق برای پیوستن به این فرقه بر روی آن مانور داده می‌شود، کاملاً نتیجه عکس داشته و باعث می‌شود ثبت هرگونه سابقه همکاری با این فرقه به تعویق یا ناممکن شدن درخواست‌های پذیرش پناهندگی منجر شود.
بسیاری از اعضای جداشده یا مرتبط این فرقه معترف‌اند که به دلیل همکاری با مجاهدین و درج نام آن‌ها در کنار نام این فرقه، سال‌های طولانی درخواست‌های پناهندگی آن‌ها در کشورهای اروپایی به تعویق افتاده است. البته این نتیجه‌ای کاملاً طبیعی برای همکاری با مجاهدین است. زیرا گروهی که سالیان طولانی در زمره گروه‌های تروریستی اتحادیه اروپا و وزارت خارجه آمریکا قرار داشته، اکنون نیز به‌عنوان یک خطر برای این کشورها محسوب می‌شود. اعضا و مرتبطین این فرقه نیز به دلیل برخورداری از سوابق تروریستی به‌عنوان کیس‌هایی پرخطر برای کشورهای پناهنده پذیر شناخته شده و در حجم بالای درخواست‌های پناهندگی هیچ‌گاه اولویت کشورها نبوده و نیستند. در واقع کشورهای غربی در پذیرش پناهنده سعی دارند تا کمترین ریسک ممکن را متحمل شده و هیچ گاه حاضر به میزبانی از افرادی با سوابق ترور و جنایت که می‌توانند خطری بالقوه برای شهروندانشان باشند، نیستند.
این موضوع که در حال حاضر مجاهدین در فهرست سازمان‌های تروریستی قرار ندارند نیز تأثیر چندانی در ارتباط با سرنوشت اعضای جداشده نداشته و از دو جنبه که اولاً بالاخره یک روز این افراد و این فرقه دست به فعالیت‌های تروریستی می‌زده‌اند و دوم اینکه اکنون نیز با اهداف سیاسی از فهرست تروریست‌ها خارج‌شده، اما در واقع بسیاری از مأموریت‌هایش برای سرویس‌های غربی بر پایه ترور و جنایت بنا شده است، همچنان نگاه کشورها به مجاهدین مانند نگاه به تروریست‌هایی است که البته در جهت منافع غرب عمل می‌کنند، اما ذاتاً سابقه و کارنامه تروریستی خود را حفظ کرده‌اند.
غیر از مسئله نگاه کشورها به مجاهدین به‌عنوان یک فرقه تروریست، ماجرای به مشکل خوردن درخواست‌های پناهندگی یک جنبه دیگر نیز با خود دارد که ناظر بر اقدامات سران خود این فرقه برای جلوگیری از پذیرش اعضای سابق در کشورهای پناهنده پذیر است.
به عبارت دقیق‌تر سران مجاهدین که از هیچ کوششی برای جلوگیری از جدایی اعضای خود دریغ نمی‌کنند، خود نیز برای مسدودسازی مسیرهای پذیرش پناهندگی اعضا تلاش نموده و حتی با ارائه اسناد و مدارکی از فعالیت با سلاح یا هر اقدام خشونت‌آمیزی به دفاتر ثبت‌نام پناهندگی سعی می‌کنند، همه مسیرهای ممکن برای پناهندگی اعضای جداشده را مسدود نمایند. سران مجاهدین در واقع با این اقدام سعی دارند طمع اعضا برای جدایی از این فرقه را از بین برده و با ایجاد راه‌های بن‌بست و مسدود بعد از جدایی از فرقه افراد را مجبور به ماندن در این تشکیلات نمایند.
در همین رابطه برخی اعضای جداشده معترف‌اند که سران و مرتبطین مجاهدین حتی در برخی موارد تصاویر اعضای جداشده‌ای که در تلاش برای پذیرش کیس پناهندگی هستند را با سلاح یا در حال جنگیدن به سفارتخانه‌ها یا کمیساریا ارائه داده تا درخواست‌های پناهندگی این افراد را با بن‌بست روبه‌رو کنند.
شاید باید خلاصه‌تر در مورد تبعات همکاری با مجاهدین اینگونه بیان کرد که هرگونه ارتباط یا همکاری با این فرقه تروریستی نه تنها هیچ‌گاه سودمند نبوده، بلکه خسارت‌های مادی و معنوی متعددی برای افراد ایجاد می‌کند که تبعات آن تا سالیان طولانی و حتی تا پایان عمر باقی می‌ماند.